به گزارش روابط عمومی سازمان نظام پزشکی، وی در این نامه، ضمن اشاره به وجود قوانین جامع در نظام صنفی و سازمان نظام پزشکی، تأکید کرده است که تنظیم مقررات جدید در این زمینه ضرورتی ندارد. همچنین، وی مغایرت‌هایی میان این لایحه و اصول قانون اساسی و سیاست‌های کلی نظام قانون‌گذاری را مطرح کرده است.

    محورهای اصلی نامه به شرح زیر است:
 بی‌نیازی به لایحه جدید: موضوعات موردنظر لایحه تعزیرات، پیش‌تر در قوانین نظام صنفی و سازمان نظام پزشکی مصوب ۱۳۸۳ و آیین‌نامه اجرایی آن، به‌طور دقیق و با رعایت اصول حقوقی تدوین شده است. بنابراین، تصویب این لایحه تداخل قانونی و عدول از قوانین بالادستی را به دنبال دارد.

ضعف در برخورد با تخلفات جدی: این لایحه نسبت به مهم‌ترین تخلفات حوزه سلامت، مانند دخالت افراد فاقد صلاحیت در امور پزشکی، کاملاً ناقص است. به گفته وی، جامعه پزشکی انتظار دارد که مجازات بازدارنده برای این‌گونه تخلفات افزایش یابد، در حالی که این لایحه بر اصلاح مواد کم‌اهمیت‌تر متمرکز شده و از این موضوعات کلیدی غفلت کرده است.

اعطای اختیارات نامتناسب به شعب تعزیرات حکومتی: در بخشی از این نامه،  اختیارات پیش‌بینی‌شده برای رؤسای شعب تعزیرات حکومتی را حتی بیش از اختیارات قضات عالی‌رتبه دادگستری اعلام و آن را مغایر با اصول قانون اساسی و دادرسی عادلانه عنوان کرده است. وی تأکید کرده که تصمیم‌گیری درباره تعطیلی مراکز پزشکی باید مطابق با اصول شرعی و قانون اساسی باشد.

پیامدهای منفی بر نظام سلامت: تصویب قوانین نادرست و غیرکارشناسی در حوزه سلامت، در شرایطی که کشور با بحران مهاجرت پزشکان، افزایش خشونت علیه کادر درمان و حتی خودکشی برخی از اعضای این جامعه روبه‌روست، می‌تواند پیامدهای جبران‌ناپذیری به همراه داشته باشد. وی از دولت خواسته است که هرگونه اصلاح و تصویب قوانین مرتبط با نظام سلامت را با حساسیت بالا و دور از آزمون و خطا انجام دهد.

دکتر محمد میرخانی با تأکید بر نقض اصول حقوقی، تداخل با قوانین موجود، عدم تمرکز بر تخلفات مهم، و تأثیرات منفی احتمالی این لایحه بر نظام سلامت، خواستار حذف کلی لایحه تعزیرات حکومتی یا بررسی مجدد آن در کمیسیون‌های تخصصی شده است.