به گزارش خبرنگار مهر، عدم حد نصاب حضور اعضای شورا در هنگام رأی‌گیری و امضا شدن صورتجلسه صرفاً از سوی ۷ نفر از اعضا اولین ابهام و نقص فرمانداری قم به این مصوبه بوده است.
همچنین عدم مدیریت جلسه در هنگام رأی گیری اعضا به گونه‌ای که برای هر یک از دستور جلسه جداگانه رأی‌گیری انجام گیرد و به امضا حاضران اعم از مخالف و موافق برسد نیز از دیگر ایراداتی است که فرمانداری قم طبق قوانین آن را دارای اشکال دانسته است.
شایان ذکر است در نامه‌ای که از سوی امیرعباس بقایی سرپرست فرمانداری شهرستان قم خطاب به امراللهی رئیس شورای اسلامی شهر قم و بازگشت به نامه شورا در خصوص مصوبه عدم احراز شرایط سمت شهردار قم صادر شده است، مواد قانونی مربوط به تشکیلات، وظایف و انتخابات شوراهای اسلامی کشور و دستورالعمل‌های موضوعی مربوط به این قوانین توسط هیأت تطبیق مصوبات شهرستان ملاک عمل قرار گرفته است.
یکم اسفندماه نیز اکبر بهنام جو استاندار قم در نامه‌ای به رئیس شورای اسلامی شهر قم بر قانونی بودن ادامه فعالیت سید مرتضی سقائیان نژاد در سمت شهردار قم تاکید کرده بود.